Dokümantasyon, sistem uygulamasında en önemli kısımlardan biridir fakat sıklıkla da göz ardı edilir. Sistem dokümantasyonundaki en büyük ihmal programcıların genelde önemli miktarda programlama ile ilgili eğitim almaları olup dokümantasyon eğitimini çok az almalarıdır. İyi bir dokümantasyon; (1) yeni çalışanların eğitimini, (2) programcılara ve analistlere gelecekteki program değerlendirmeleri ve geliştirme aktiviteleri için yararlı bilgi sağlamayı, (3) yetkililere iç kontrol değerlemelerinde yararlı bilgi sağlamayı (4) sistemin tasarım özellikleriyle bir araya gelmesine destek olmayı içeren geniş kapsamlı faydalı amaçlara hizmet eder.