Avrupa’daki müzeler gibi kütüphane, fotoğraf stüdyosu ve atölyelere yer verilen yeni müzenin tasarımı Fransız asıllı mimar Alexander Vallaury (1850-1921) tarafından yapılmıştır. Neoklasik tarzda yapılan yapının ilk kısmı 1899’da, ikinci kısmı 1903’te, üçüncü kısmı 1907’de tamamlanarak Lahitler Müzesi adıyla anılmış ve (bugünkü adı İstanbul Arkeoloji Müzesi olan) bu müzeyle Osmanlıda modern müzecilik anlayışı başlamıştır.