Bilgisayarların okulöncesi eğitime yönelik en çok endişe uyandıran dezavantajlarından biri aşırı ya da uygunsuz kullanımdan kaynaklanabilecek Karpal Tünel Sendromu, göz kızarıklığı, şişmanlık, uykusuzluk, kramp ve ağrılar gibi fiziksel yan etkilerdir. Araştırmalar bu rahatsızlıkların çoğunlukla uzun, kesintisiz ve sağlıksız kullanım biçimlerinden ya da ergonomik olmayan monitör, klavye ve farelerden kaynaklandığını göstermektedir.