Çağatay Hanlığı, Türk-Moğol topluluklarından oluşan kabile konfederasyonu idi ve önceleri han ailesi daha sonraları ise güçlenen, hanedana mensup olmayan boy beyleri, (ulus emîrleri) tarafından idare edildi. Bu emîrler Cengiz soyundan kukla bir han kullanarak idarelerini meşrulaştırıyorlardı.