16. ve 17. yüzyıllarda Buhara Hanlığı’na tabi olan Fergana, hanlığın zayıflaması ile birlikte, merkezle bağlarını koparmıştır. 17. yüzyılın sonuna doğru bölgenin kuzeyinde, Çadak şehri ve çevresinde, Hz. Peygamber neslinden oldukları ifade edilen Nakşibendiye tarikatına mensup hocalar egemen olmaya başlamışlardır. Bunun yanı sıra bölgenin Mâverâünnehr ile sınır şehirleri Ura-Tepe ve Hisar’da Yüz kabilesi, Şehrisebz’de ise Keneges kabilesi bağımsız hareket etmeye başlamıştır. Bu parçalı yapıya, özellikle de Hocaların iktidarına karşı, bölgenin Özbek kabileleri, yine bir Özbek kabilesi olan Minglerin reisi Şahruh Biy’in etrafında toplanarak mücadele etmişler, başarılı olunca da Şahruh Biy’i 1709 yılında kendilerine hükümdar seçerek Fergana bölgesinde ayrı bir siyasi yapıya hayat vermişlerdir. Kaynaklarda Hokand Hanlığı veya Fergana Hanlığı olarak bahsedilen bu siyasi yapı han unvanı yerine biy (veya bey) unvanı kullanan Şahruh’un (1709-1721) ilk temsilcisi olduğu Ming Hanedanı (Çin’de 1368-1644 yılları arasında hüküm süren Ming Hanedanı ile ilgisi yoktur) idaresi altında 1876 yılına kadar 167 yıl ömür sürmüştür.