Babasının ölümünden 31 gün sonra Alaeddin unvanıyla tahta çıktı. Önce GurSultanı Şihabettin ve Gıyaseddin ile mücadele etti. Durumdan faydalanan Gur sultanları Mevr  ve Tusu alarak bazı şehzadeleri esir etti. Bu sebeble Nişabura yürüyen Alaeddin onları yenerek Mevr   ve Sarahsı zapetti. Gurlularla mücadelesinde Herat  muharabesine teşebbüs etti. Fakat karşı kuvvetin geldiğini duyunca döndü. Gurlu sultanı Gıyaseddinin ölümünden istifade ederek Herat ı almak istedi fakat başaramadı. Fakat Gursultanı şŞhabettinin Harezme yürüdüğünü haber alınca Karahitay yardımıyla ordu topladı ve Gurluları geri çekilmek zorunda bıraktı. Gurluları yendi ve Ürgençe döndü. 4 sene süren Horasan hâkimiyet mücadelesi Gurların aleyhinde sonuçlandı. Gurlular yalnız Herat a hâkim olmakla yetindiler. Güç dengesi Karahitayların lehine oluşunca Alaeddin Gurlularla tekrar ilişki kurmuş. Karahitaylardan intikam almak isteyen sultan Alaeddinin teklifini kabul etmiş. 1205 de Belh valisi Taceddin Zenginin Harezmşaha yaptığı hücumda Şihabettin yardım etmedi. Onun yerine Termiz kalesini zapetti. Şihabettin Hindistana döner dönmez Karahitay seferi için hazırlığa başlasa da öldürüldü. Onun ölümüyle gGrlular parçalandı. Rakip siyasi teşekküller oluştu. Bunların başında Türk Memluklarından yetişme vali ve kumandanlar vardı.

Gurluların çökmesiyle Herat valisi Hüseyin Harmil Herat ı teslim için Alaeddine başvurdu. Herat alındı ve valilik hüseyinde kaldı. Belhe yürüyen Alaeddin şehri aldı. Termiz kaleside Karahitaya bağlı Semerkand sultanı tarafından ona verildi. Bunların ardından Herat a gelen Alaeddin sultan Mahmutu Firizkuh hükümdarı olarak tanıdığını tebliğ ederek hediye yolladı. Ancak sikke ve hutbelerde kendi ismi vardı. Harezme döndü Mazderan’a karşı harekete geçti ve aldı. Sonra Maveraünnehire yöneldi.

Muhammed karşısında ki başlıca güç Karahanlıları almış olan Karahitaylardı. Artık Alaeddinin gayesi Karahitay nüfuzunu kırmak ve Maveraünnehiri almaktı. 1207 de harekâta başladı. Maveraünnehir seferi Karahitaylıların yenilmesi ve Buharanın alınmasıyla neticelendi. Buharanın hâkimiyeti Sadrı Cihan denilen Burhan oğulları ailesinde idi. Bu zaferden sonra Semerkanda hükümdarı ile Maveraünnehir Seyid ve Ulemasının kendisine meyletme konusu oldu. Bu başarılar ardından Alaeddin eski lakaplarına ek olarak İskenderi Sani ve Sancar unvanlarını ekledi.

Sefer esnasında öldüğü söylentisinin yayılması üzerine Herat ve Nişaburda 2 mühim isyan çıkmış. Hüseyin Harmil Alaeddinin öldüğünü düşünerek hutbeyi Gurlu sultanı adına okutmuş. Harezme döndüğünü duyunca tabiiyet bildirmiş ama öldürülmüştür. Yine bu yıl Terken hatunun akrabası Nişabur valisi Gezlik hanın isyanı bastırılmış.

Cengiz han tarafından Moğolistan’dan çıkmaya zorlanan göçebeler Karahitaya sığındılar. Bunlardan en önemlisi 1208 de Küçlük kumandasında ki Naymanlardı. Uygur hükümdarları da Karahitaylardan çıkarak Moğollarla birleşti. Küçlük’ün hâkimiyeti elde etmesiyle Karahitaylar 1212 de Alâeddin’in Semerkant’ı zaptı ile Harzemşah hâkimiyetine girdi. Alaeddin Semerkanda saray ve cami yaptırmış. Karahanlılar burayı 2. Payitaht olarak görmeye başlamış. Fakat Küçlük’ün doğu Türkistan’da yaptığı zalimler durmamış. Kıpçaklara yaptığı seferde sığnakı ilhak etmiş.

1215 de Gazne ve havalisi Alaeddinin hâkimiyetine girmiş. Ve büyük oğlu Celalaettinin idaresine verilmiş. Böylece Gurluların Hindistan dışında ki bütün toprakları ele geçirilmiş. Bağdat Abbasi halifesi en Narsı nüfuzu altına almak istemiş fakat başaramamış ve aralarında ki gerginlik artmış. Mekke emiri ve Hrzemşahların Bağdattaki vekilini öldüren halife ei Nasr Gazze seferi esnasında Gurluları kışkırtmış. Bunu öğrenen Alaeddin halifeyi tanımayarak makamın haz. Ali’nin çocuklarına ait olduğuna dair ulemadan fetva almış ve halifeyi hutbelerden kaldırmış. Onun yerine Seyyid Alaülmülkü Termizi adlı seyidi halife ilan etmiş.