Danişmendliler Türkiye Selçuklularıyla birlikte Haçlılara karşı mücadele ettiler. Haçlı tehlikesini atlatan Danişmendliler, 1098’den itibaren tekrar Malatya’yı sıkıştırmaya başladılar. Kent üç yıl kuşatma altında tutuldu. Danişmendliler ülkesi 1101 yılında Lombardlardan oluşan büyük bir Haçlı ordusunun istilası ile karşılaştı. Danişmend Gazi derhal I. Kılıç Arslan ile ittifak yaptı. Ardından Haleb Selçuklu Meliki Rıdvan’ın yardımını aldı. Merzifon’a ulaşan Haçlılar Danişmendliler tarafından pusuya düşürüldü ve ağır bir mağlubiyete uğratıldı. Danişmend Gazi, aynı yıl I. Kılıç Arslan ile beraber Ereğli yakınlarındaki bir başka Haçlı kuvvetini imha ederek, Anadolu’nun bir Türk yurdu olarak kalmasında büyük bir hizmette bulunmuştur. Haçlılara karşı kazandığı zaferden sonra Danişmend Gazi yeniden Malatya üzerine yürürken Bohemond’u 100.000 altın karşılığında serbest bırakmıştır. Malatya’yı kuşatan Danişmendli ordusu karşısında Haçlılardan yardım alamayan ve halk tarafından sevilmeyen Gabriel direnemedi. Türkler kenti teslim aldılar. (Eylül 1102) Kaynaklara nazaran Danişmend Gazi kenti imar etmiş, ahaliye aman vererek mülklerini geri iade ettikten başka onlara gıda ve yiyecek dağıtmıştır. Danişmend Gazi 1105 yılında ölmüştür. Yerine on iki oğlu arasından Emir Gazi geçmiştir. Şahsiyeti ve yaptığı hizmetler Türkmenlerin nazarında destanlaşmış ve ölümsüzleşmiştir. Tabiyetindeki Hıristiyan unsurlar da ölümüne son derece üzülmüş ve günlerce matem tutmuşlardır.