Ali Bey tahta geçtiğinde kardeşi Hamza’nın muhalefeti ile karşılaştı. O, durumunu kuvvetlendirmek için kızını Şahruh’un oğluyla evlendirmek suretiyle Timurlularla akrabalık kurdu. Ancak, Şahruh’un Azerbaycan’dan çekilmesiyle Akkoyunlular yine iç karışıklıklar içine sürüklendiler. Memlüklerin yardımıyla Hamza Bey’e geçici bir üstünlük kurulduysa da huzur sağlanamadı. Memlüklerin çekilmesiyle birlikte Hamza Bey tahtı ele geçirmek için yeniden harekete geçti. Kardeşi Hamza Bey’e karşı koymayacağını anlayan Ali Bey, Mısır’a giderek ömrünün sonuna kadar orada kaldı.