Cüneyd’in şeyhliğine karşı çıkan amcası Cafer, Karakoyunlularla işbirliği yaparak onun Erdebil’den uzaklaşmasını sağladı. Cüneyd, Anadolu’ya gelerek II.Murad’dan kendisine faaliyet gösterebileceği bir yer vermesini istedi. Osmanlı Sultanı bu isteği reddetmesi üzerine Konya’ya giden Cüneyd, Sadreddin Konevî dergahında bir müddet ikamet etti.