IV. Mehmed’in annesi Hatice Turhan Sultan, 1661’de bütün masrafları bizzat üstlenip, Mimar Mustafa Ağa nezaretinde inşaatı tekrar başlattı. Yeni Camii Külliyesi yapıldığı dönemde, cami, hünkâr kasrı, sebil, çeşme, sıbyan mektebi, darülkurra, türbe ve çarşıdan oluşmaktaydı. Nihayet 1663’te cami tamamlandı ve padişah da dahil devlet ricalinin hazır bulunduğu bir merasimle burada ilk Cuma namazı eda edildi.