Seferin başlama tarihinden yaklaşık 35 gün sonra 12 Haziran 1789’da Malta Adası işgal edildi. Napoleon, Malta Adası’nı üst edinen ve savaşçılık yönü yüksek olan Katolik Saint Jean şövalyeleri tarikatını ilga etti. Napoleon, Malta’da bulunan hapishanelerdeki Müslüman esirleri serbest bıraktı. Napoleon’un niyeti işgal etmeyi planladığı Mısır ve diğer bölgelerdeki Müslüman âleminde kendisi hakkında iyi bir algı oluşturmaktı.