Napoleon bu hedeflerine ulaşabilmek için elde mevcut 24 bin kişilik ordudan 18.000’ini ayırarak Suriye’yi işgal için 10 Şubat 1799 tarihinde harekete geçti. Napoleon 20 Şubat 1799’da El-Ariş, 24 Şubat 1799’da Gazze, ardında dört günlük bir kuşatmadan sonra Yafa’yı işgal etti. Yafa’da esir alınan 4.000 asker ile Müslüman ve Hristiyan halktan da çok sayıda insan öldürüldü. Gazze’de Mısır Valisi Azemzade Abdullah Paşa, Fransız ordusuna karşı direnmiş ancak daha fazla kayıp vermemek için gerçi çekilmişti. Napoleon 24 Mart 1799 tarihinde Suriye’nin son müdafaa noktası olan Akka Kalesi’nin önüne gelerek kaleyi muhasara etti. Kaleyi Cezzar Ahmed Paşa savunuyordu. Cezzar Ahmed Paşa’ya İstanbul’dan Nizam-ı Cedid birlikleri de yardıma gelmişti. Napoleon ise ağır toplarını getirememişti, ayrıca kale denizden Osmanlı ve İngiliz donanmalarıyla irtibatlı idi. Yardıma gelen kölemen birliklerini Napoleon’un güçleri yenilgiye uğrattıysa da kaleyi ele geçiremedi. Akka savunmasında modern savaş tekniklerini bilen Nizam-ı Cedid ordusunun üstünlüğü hemen dikkati çekmiştir. Fransız ordusunun tüm hamlelerine kolayca karşılık veriyor ve düşmanı mağlup ediyordu. 5 Mayıs 1799 tarihinde Akka Kalesi’ne son saldırısını yapıp başarısız olan Fransız ihtilalinin yenilgisiz komutanı Napoleon, ilk yenilgisini alarak geri çekilme kararı aldı.