Mehmed Ali Paşa, nihayet ordunun başında İskenderiye üzerine hareket etti. Bu sırada Osmanlı Devleti’nde taht değişikliği oldu. Fransa ile Rusya’nın Tilsit’de görüşerek ittifak antlaşması imzaladıkları anlaşıldı. Bu gelişme üzerine İngilizler de Mehmed Ali Paşa ile görüşerek 14 Eylül 1807 tarihinde İskenderiye’yi tahliye etti. Bunun üzerine Mısır  gümrüklerinin geliri de Mehmed Ali Paşa’ya bırakıldı. Mehmed Ali Paşa, II. Mahmud’un emriyle 1811- 1813 yıllarında Mekke, Medine ve Taif’i kurtardı. Bir yıl sonra da Suud ibni Abdülaziz’in ölümü ve çocuklarının tutuklanıp idam edilmesiyle ilk Vahhabi isyanı tamamen bitirildi.