Kabakçı Mustafa İsyanı ile Osmanlı tahtının yeni sahibi 29 Mayıs 1807’de padişah olan IV. Mustafa oldu. Bu taht değişikliği, yukarıda ifade edildiği gibi Osmanlı siyasetindeki geleneksel ittifakın izlerinin açıkça tespit edildiği bir olaydır. IV. Mustafa; bürokrasi, ulema ve yeniçeriler arasındaki uzlaşmanın sonucu olarak tahta geçmişti. İsyanın ardından III. Selim’in başlattığı reform çabalarının tamamen ortadan kaldırıldı. İsyancılar, Nizâm-ı Cedîd hareketine son verildiğini ilân ettiler. İsyanda iş birliği yapmış olan gruplar veya kişiler gelecekte ortaya çıkacak bir hesaplaşmadan kurtulmak için gerekli adımı atmakta gecikmediler. İsyana katılanlar, ileride yaşanacak her türlü tehlike ihtimaline karşı ulemaya bir hüccet hazırlatarak padişaha imzalattılar.