Napoleon, Kahire’yi işgal ettiği sırada Fransız donanmasına ait büyük gemiler İskenderiye Limanı’nın doğusunda yer alan Abukır Kalesi’nin karşısında, küçük savaş ve nakliye gemileri ise İskenderiye Limanı’nda bulunuyordu. Büyük savaş gemileri arasında yarım dünya denilen ve üstünde 180 top bulunan 3 ambarlı Orient adlı amirel gemisi de vardı. İngiliz donanması ise Akdeniz’de Fransız donanmasını aramaya devam ediyordu. Nitekim İngiliz amiral Nelson kumandasındaki İngiliz donanması 1 Ağustos 1798’de ansızın Fransız donanmasına saldırarak Fransızların 10 büyük gemisinden 9’unu ele geçirdi. Osmanlı Devleti ve Avrupa Devletler İttifakı (1798-1807) 39
ent adlı gemi de yandı. Öyle ki bu baskından 2 kalyon, 2 fırkateyn, 2 korvet ve 2 bomba gemisi kaçmak suretiyle kurtuldu. Nelson İskenderiye’yi muhasara için donanmayı buraya bırakıp hasar gören gemilerini tamir için Sicilya’ya gitti. Bu arada İspanya Fransa’nın Portekiz ise İngiltere’nin müttefikiydi. Öyle ki İngilizlere yardım için bir Portekiz donanması da Mısır açıklarına gelmiş ve Abukır Deniz Savaşı bittiği için Nelson ile buluşmak üzere Sicilya’ya hareket etmişti.