Berlin Kongresi ve sonunda imzalanan Berlin Antlaşması, ilgili devletler arasında genel barış sağlayacağı yerde, daha sonra etkisini gösterecek olan yeni antlaşmazlıkların da temel kaynağı olmuştur. Benzer şekilde, 61. madde ile antlaşmaya dâhil edilen “Ermenilerin yaşadığı yerlerde ıslahat yapılması” konusu da, özellikle II. Abdülhamit dönemi ve sonrasında bir “Ermeni sorunu”nun ortaya çıkmasında, bir dönüm noktası teşkil etmiştir.