Kırım Savaşı’nı müteakip kitlesel göçlerle karşı karşıya kalınınca özgün iskân projeleri planlamak, belirlenen ilkeler çerçevesinde göçmenleri iskân etmek ve sorunlarını gidermek amacıyla hususî bir teşkilatın oluşturulması kararlaştırıldı. Bu karar çerçevesinde 5 Ocak 1860 tarihinde Muhacirin Komisyonu kuruldu. Kitlesel göçler 1875 yılı itibarıyla sona erince Muhacirin Komisyonu lağvedildi ve münferit tarzda gelen göçmenlerin yerleştirilmesi ve sorunlarının çözülmesi Zaptiye Nezaretine bağlı bir heyete havale edildi.