Bu ortamda adada kendileri için can ve mal güvenliğinin kalmadığına inanan Müslümanlar Anadolu’ya göç etmeye başladılar. 1899’da anayasanın ilanı Girit Müslümanlarının göçüne kitlesel bir boyut kazandırdı. Göç önce köylerden
kentlere, ikinci aşamada da kentlerden Anadolu’ya yönelik gerçekleşti. Osmanlı
idaresi göçü önlemeye yönelik çeşitli tedbirler almaya çalıştı. Buna rağmen göç
önlenemedi.