Göçmen idaresi göçmenlerin iskân mahallerini belirlemek ve sorunsuz bir şekilde yerleşmesini temin etmek amacıyla taşraya iskân memurları ve müfettişleri gönderdi. Bu memurların başkanlığında Vilayet İdare-i Muhacirin Komisyonları kuruldu. Komisyonların göçmen çıkarılan iskelelerde ve göçmen sevk edilen sancak ve kazalarda birer şubesi bulunmaktaydı. Vilayet, sancak ve kaza merkezlerindeki komisyon ve şubeleri yardıma muhtaç göçmenlerin yevmiyelerini dağıtmak, iskân işlerini yürütmek, arazi anlaşmazlıklarını çözümlemek, göçmen evlerinin inşaat işlerini yürütmekten sorumluydu.