Ayrı Okullarda Özel Eğitim uygulamasında yetersizliği olan çocuklar, yetersizlik türlerine göre ayrı okullarda, özelliklerine göre düzenlenmiş programların takip edildiği eğitimi alırlar. İşitme Engelliler Okulu, Ortopedik Engelliler Okulu bu okullara örnek verilebilir ve bu okullar yatılı veya gündüzlü olabilir.