Örgütün yapısı karmaşıktır ve hücre tipi yapılanma esasına dayanır. Örgüt büyüdükçe yapısı daha da karmaşık bir hal alır. Yasadışı örgütlenmelerde Merkezi Yapı, Yeraltı Örgütü, Silahlı Birim ve Propaganda Birimi olmak üzere asgari dört ana unsur bulunur. Bu yapı, gizliliği sağlamak ve eylemleri etkin kılabilmek amacıyla oluşturulur.