Ekoloji alanında yapılan çalışmaların sürekli artması ve çeşitlenmesi, bu disiplin altında bir çok alt disiplin oluşmasına neden olmuştur. Bunlardan yaygın olarak benimsenen ve çalışmaların yoğunlaştığı alt disiplinler popülasyon ekolojisi (population ecology), canlı toplulukları ekolojisi (community ecology), bitki ekolojisi (plant ecology), ekosistem ekolojisi (ecosystem ecology) ve peyzaj ekolojisi (landscape ecology)’dir.