Hipotalamus otonom sinir sisteminin isleyişini etkileyen önemli beyin bölgelerinden biridir.

Otonom sinir sisteminin diğer adı parasempatik sistemidir.

Otonom sinir sistemi melatoninin salgısını da kontrol eder.

 Bu sistemde salgılanan 6 farklı hormon ön hipofiz lobunda bulunan hücreler tarafından sentezlenip kana verilir.

İçerdiği nöronlar, oksitosin ve vazopressin adı verilen iki ayrı hormonu sentezler.