Maliyet minimizasyon analizinde  en önemli nokta, mukayese edilecek sağlık aktivitelerinin benzer sonuç vermesidir. Aksi takdirde, en ucuz yöntemin seçimi en etkili yöntemin seçimi anlamına gelmeyecektir. Örneğin kamu hastanelerinde ilaç alımında aynı etken maddeye sahip ilaçlar içinden maliyeti en az olan tercih edilmektedir. Eğer sonuçlar farklı ise bu analiz uygulanmaz, yani sağlık çıktısının aynı olduğu durumlar için geçerlidir.