Maliyet fayda analizinde sağlık programının, tedavinin veya müdahalenin kendi içinde girdileri ve çıktıları parasal olarak karşılaştırılır.Bu analiz iki farklı tedavi yaklaşımını karşılaştırarak, alternatiferin maliyet ve faydalarını ekonomik terimlerle ifade eder. Eğer faydalar maliyetinden fazla ise matematiksel olarak fayda/maliyet oranı 1’den büyüktür ve uygulamaya değerdir.