Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü’nün görevleri aşağıda sıralanmıştır:

• Sağlık alanında kullanılan bilişim sistemleri ve iletişim teknolojileri ile ilgili ülke çapında politika, strateji ve standartları belirlemek.

• Kişisel sağlık verileri ile ülke düzeyinde sağlık durumu ve sağlık hizmetlerine ilişkin veri ve bilgi akışını içeren her türden bilgi sistemleri ve projelerini yapmak ve yaptırmak.

• Sağlık bilgi sistemleri ve teknolojileri alanında uluslararası gelişmeleri izlemek, ülke uygulamalarını ve tecrübelerini paylaşmak, gerektiğinde uluslararası kuruluşlarla işbirliği yapmak.