Analiz safhası sonrası ikinci aşama, tasarım aşamasıdır. Fizibilite aşamasında ihtiyaçlar ortaya konulduktan sonra bu ihtiyaçlara cevap verecek en iyi uygulama ya da tasarım nasıl olmalıdır sorusunun yanıtı aranacaktır. Bu aşamada, HBS’nin hastane içerisinde mi oluşturulacağı, dışarıdan mı satın alınacağı veya mevcut sistemin mi iyileştirileceği sorularının cevabı verilmesi gerekecektir. HBS, kurum içerisinde geliştirmeyi seçen organizasyonların gereksinimleri genellikle kuruma özeldir. Kurumun, tasarım yapmak ve sistemi desteklemek için gerekli teknik deneyime sahip olması gerekir. HBS’ni dış kaynaklardan almak isteyenler var olan sistemleri iyi inceleyerek varsa kullanıldığı kurumları ziyaret ederek ihtiyacın ne kadar karşılandığı iyi analiz edilmelidir.