Strateji Geliştirme Başkanlığı finans fonksiyonu ve finansal örgütlenme açısından başkanlık görevlerini Stratejik Yönetim ve Planlama Daire Başkanlığı, Genel Bütçe Daire Başkanlığı, Döner Sermaye Daire Başkanlığı, İç Kontrol ve Analiz Daire Başkanlığı, İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı olmak üzere beş daire başkanlığı yerine getirmeye çalışmaktadır.