Sağlık Bakanlığı ve bağlı kuruluşlarda hem genel bütçe hem de döner sermaye bütçesi uygulanmaktadır. Bu uygulamanın sonucu olarak Sağlık Bakanlığı örgütlenmesinde sağlık kurumlarının finansmanı ile ilgilenen değişik birimler ve farklı görevleri bulunmaktadır. Bakanlığın hizmet birimleri arasında yer alan Strateji Geliştirme Başkanlığı hem genel bütçe hem de döner sermaye bütçesi ile ilgilenen bir birimdir.