Kamu Hastane Birliklerinin teşkilatı, genel sekreterlik ve hastane yöneticiliklerinden oluşur. Genel sekreterlik birliğin en üst karar ve yürütme organıdır. Genel sekreterlik bünyesinde tıbbî hizmetler, idarî hizmetler ve malî hizmetler başkanlıkları kurulur. Kamu Hastane Birliğine birden fazla hastane bağlı olabilir. Birliğe bağlı her hastane bir hastane yöneticisi tarafından yönetilir.