Sayıştay, merkezi yönetim bütçesi kapsamındaki kamu kurumları, sosyal güvenlik kurumları ve mahalli idarelerin gelir ve giderleri ile mallarını TBMM adına denetler. Sayıştay bu kapsamda kamuya ait tüm sağlık kurumlarında gelir, gider ve mal denetimi yapmaktadır. Diğer bir ifade ile Sayıştay kamu sağlık kurumlarının finansal denetimini yapmaktadır.