Sağlık kurumlarında muhasebe sistemi, muhasebenin genel sınıflandırılmasına paralel olarak sınıflandırılabilir. Buna göre sağlık kurumu muhasebe sistemini, sağlık kurumu genel muhasebesi ve sağlık kurumu yönetim muhasebesi olmak üzere ikiye ayırabiliriz. Bu yapı özel sağlık kurumları için geçerlidir.