Gizli hata kaynakları; örgütün içinde bulunduğu toplumsal çevre, yönetim yaklaşımları, hizmet sunulan fiziksel çevre, insan sistem etkileşimi, örgütsel ve sosyal çevreden meydana gelmektedir. Yönetimin aldığı kararlar; hasta yükü, çalışanların işe alınması ve personel politikaları, örgüte uygun gördüğü yapı, çalışanları geliştirme için harcadığı kaynak gizli hata kaynakları olabilmektedir. Fiziksel çevreye ilişkin aydınlatma, gürültü, ısıtma, iş yerinin düzenlenmesi, havalandırma koşulları; çalışanların kullandığı tıbbi cihazlar, yazılımlar, bilgi teknolojileri bir başka gizli hata kaynağıdır. Örgütte var olan otorite seviyesi, örgüt iklimi ve eşgüdüm gibi örgütsel özellikler de hatalarda etkilidir.