Sayfa 24: Şekil 2.1’de görüldüğü gibi muhasebe bilgi sistemi, ilgili mevzuat tarafından kabul edilen belgeleri toplayarak bunları muhasebe biliminin öngördüğü biçimde kayıt altına alır. Sürecin sonunda çıktı finansal tablolardır ve bu tablolar işletme içi (yönetici, ortaklar, çalışanlar vb.) ve işletme dışı (devlet, bankalar, rakip işletmeler, sendikalar vb.) bilgi kullanıcılarınca kullanılarak karar verici mekanizma tarafından işletme ve ekonomi ile ilgili kararlar alınmaya çalışılmaktadır. Sistemin tüm işletmeler için işleyişi bu şekildedir. Ancak, sağlık kurumları birer hizmet işletmesi olmaları nedeniyle, muhasebe sistemlerinin işleyişi diğer işletmelerden daha farklı özelliktedir. Örneğin, sağlık hizmetlerinin soyut olması, stoklanamaması, yarı mamul vb. ara aşamalarının olmaması sağlık kurumlarının muhasebe bilgi sistemlerini üretim ve ticaret işletmelerinden farklı kurmalarını gerektirmektedir.