Sağlık kurumları birer hizmet işletmesi olmaları nedeniyle, muhasebe sistemlerinin işleyişi diğer işletmelerden daha farklı özelliktedir. Örneğin, sağlık hizmetlerinin soyut olması, stoklanamaması, yarı mamul vb. ara aşamalarının olmaması sağlık kurumlarının muhasebe bilgi sistemlerini üretim ve ticaret işletmelerinden farklı kurmalarını gerektirmektedir.