Sosyal sağlık sigortası kurumlarının yaşadığı sorunlar; tüm nüfusun sağlık güvencesi kapsamında olmaması, sağlık hizmetleri ile ilgili sorunlar, sağlık sigortası prim oranları ile ilgili sorunlar, sağlık sigortalarının kapsamı ve yararlanma koşullarına ilişkin sorunlar, sağlık sigortası gelir gider durumuna ilişkin sorunlar olarak sıralanabilir. Coğrafi koşullar ile ilgili sorunlar sosyal sağlık sigortası kurumlarının yaşadığı sorunlardan biri değildir.