Eş zamanlı PCR avantajları şunlardır;
Yöntemin en önemli avantajları arasında hassas, verimli, hızlı ve kontaminasyon riskinin düşük olması sayılabilir.
Klasik PCR belirli sayıda çevrimden sonra ölçüme izin verirken eş zamanlı PCR veriyi eksponansiyel büyüme fazında elde eder.
Raportör oresan sinyalindeki artış doğrudan üretilen PCR ürün miktarıyla orantılıdır.
Hedef sekansı tespit eden dinamik aralık oldukça geniştir.
PCR sonrası ek işlemlere ihtiyaç duymaz.
Duyarlılık başlangıç materyalindeki sadece 2 katlık bir değişime kadar düşürülebilmektedir.
Mevcut sistemler bu yöntemde Multipleks yetkinliğini sınırlandırmaktadır ancak bu karşımıza dezavantaj olarak çıkmaktadır.