Moleküler İşaret Fenerleri (Molecular Beacons): TaqMan probunun geliştirilmiş
şekline moleküler işaret feneri (molecular beacons) adı verilmiştir. TaqMan probundaki oligonükleotidlerin orta kısmındaki spesifik bölgelere ek olarak, probun 5’ ve 3’ uçlarında komplementer sekanslar bulunur. Bu sekansların görevi probun uçlarının kıvrılarak saç tokası şeklini almasını sağlamaktır. Böylece quencer ve raportörün birbirine ışığın emisyonunu önleyecek kadar yakınlaşması garantilenir.