Anatomi, fizyoloji, biyokimya,mikrobiyoloji, patoloji, toksikoloji gibi tıbbın pek
çok alanınıda, madde bilimleri (maddelerin içerik analizleri), malzeme araştırmaları, pürüzlü yüzeylerin incelenmesi, üç boyutlu cisim incelemesi ve yüzey topografyası, malzeme hasarlarının incelemesi, diş hekimliği, arkeoloji, tekstil, chip üretimi, sanayide hata analizleri gibi pek çok alanda da Tarama Elektron Mikroskop'tan yararlanılır.