Eş zamanlı PCR sistemi klasik PCR kullanımına göre pek çok avantaj ve dezavantaja sahiptir. Bunlar:

Avantajları:
• Yöntemin en önemli avantajları arasında hassas, verimli, hızlı ve kontaminasyon
riskinin düşük olması sayılabilir.
• Klasik PCR belirli sayıda çevrimden sonra ölçüme izin verirken eş zamanlı PCR
veriyi eksponansiyel büyüme fazında elde eder.
• Raportör floresan sinyalindeki artış doğrudan üretilen PCR ürün miktarıyla
orantılıdır.
• Hedef sekansı tespit eden dinamik aralık oldukça geniştir.
• PCR sonrası ek işlemlere ihtiyaç duymaz.
• Duyarlılık başlangıç materyalindeki sadece 2 katlık bir değişime kadar düşürülebilmektedir.

Dezavantajları:

• Amplikon boyutu sistem açılmaksızın takip edilememektedir.
• Mevcut sistemler multipleks yetkinliğini sınırlandırmaktadır.

• Bazı sistemler florejenik kimyasallarla uyumsuzluk göstermektedir.
• Kullanılan teknoloji, kalite yetkinlik ve kontrol düzenlemeleriyle denetlenirse güvenli sonuçlar vermektedir.
• Standardize edilmiş analiz sistemleri ise her yeni uygulamada optimizasyona ve validasyona ihtiyaç duyar. Aksi hâlde eş zamanlı PCR sistemi oldukça fazla miktarda ancak doğru olmayan veri sunacaktır.