Anatomi, fizyoloji, biyokimya, mikrobiyoloji, patoloji, toksikoloji gibi tıbbın pek çok alanınıda, madde bilimleri, malzeme araştırmaları, pürüzlü yüzeylerin incelenmesi, üç boyutlu cisim incelemesi ve yüzey topografyası, malzeme hasarlarının incelemesi, diş hekimliği, arkeoloji, tekstil, chip üretimi, sanayide hata analizleri gibi pek çok alanda da SEM’den yararlanılır. Hücre kültürlerini incelemek için ise karanlık alan mikroskobu (ultramikroskop) kullanılır.