Elektroforez sistemi: Farklı maddeleri (protein, DNA, enzim vs.) birbirinden ayırabilmek için kullanılan hareketli ve hareketsiz ortamdan oluşmuş sistemlerdir. Kağıt, agaroz jel, selüloz asetat, poliakrilamid jel, nişasta jel ve izoelektrik fokuslama olmak üzere farklı elektroforez sistemleri mevcuttur. Tüm elektroforez yöntemlerinde, hareketsiz ortama uygulanan maddeler; moleküllerin net elektrik yüküne, molekülün yapısı ve büyüklüğüne, elektrik alanın gücüne, taşıyıcı (hareketli) ortamın özelliklerine ve sıcaklığa bağımlı olarak göç eder. Ayırım sonucu elde edilen elektroforez profillerini görüntülemek için amaca uygun boyalar kullanılır.