Elektron mikroskopları ışık kaynağı yerine elektronları kullanırlar. Elektronların objenin içinden geçirilmesi (TEM) veya yüzeyin ince altın film ile kaplanıp obje yüzeyine ulaştırılması olmak üzere iki farklı türü bulunmaktadır. Elektronların obje yüzeyine çarparak görüntü oluşturması SEM (taramalı elektron mikrorskop) ile mümkündür.