İç içe (Nested) PCR özgün olmayan ürünlerin oluşumunu engellemek ve PCR tekniğinin spesifikliğini arttırmak için kullanılan bir PCR yöntemidir.
Bu PCR metodunda iki farklı set primer çifti kullanılarak iki PCR işlemi yapılır. İlk
PCR işleminde iki adet dış primerler kullanılır ve hedef molekül üzerinde uzun bir bölgenin amplifikasyonu yapılır. İkinci PCR işleminde ilk PCR sonucunda elde edilen DNA dizisi üzerinde iç primerler kullanılarak yeniden çoğaltma işlemi yapılır. İç primerlerin çoğalttığı DNA parçası, dış primerlerin çoğalttığı DNA parçasının içerisinde yer alır ve istenilen hedef bölge çoğaltılarak özgün ürünler elde edilir.