SEM, bütün hücrelerin, dokuların ve değişik yapıların yüzeylerini çalışmada kullanılır. Anatomi, fizyoloji, biyokimya, mikrobiyoloji, patoloji, toksikoloji gibi tıbbın pek çok alanınıda, madde bilimleri (maddelerin içerik analizleri), malzeme araştırmaları, pürüzlü
yüzeylerin incelenmesi, üç boyutlu cisim incelemesi ve yüzey topografyası, malzeme hasarlarının incelemesi, diş hekimliği, arkeoloji, tekstil, chip üretimi, sanayide hata analizleri gibi pek çok alanda da SEM’den yararlanılır