Konvansiyonel yöntemlerin toz ve aerosol partiküllerini ortamdan uzaklaştırarak ha­vadaki bakteri sayısını etkili bir şekilde azalttıkları kanıtlanmıştır. Havalandırma siste­minde etkinlikleri standardize edilmiş ardışık iki filtre sistemi bulunmalıdır. Konvansi­yonel ameliyathane havalandırma sistemleri, saatte en az 15 filtre edilmiş hava değişimi yapmalı ve bunlardan en az 3’ü (% 20) temiz hava ile olmalıdır. Hava tavandan verilmeli ve tabandan dışarı alınmalıdır. Gerekli konforu sağlaması için sıcaklık 20-22 0C arasında, nem oranı % 30-50 arasında tutulmalı, ısı ve nem ekibin isteği ve ameliyatın özeliğine göre içeriden ayarlanabilir olmalıdır. % 60’ın üzerindeki nem, kuru yüzeyler üzerinde yo­ğunlaşmalara neden olur ve % 50’nin altındaki nem de statik elektriği engellemez. Bazı ameliyatlarda cerrahi alan enfeksiyon riskini azaltmak için ek önlem olarak laminer hava akımının kullanılması önerilmiştir. Laminer hava akımı, parçacıklardan arındırılmış ha­vanın aseptik ameliyat ortamı üzerinden sabit bir hızda (0,3-0,5 µm/saniye) akımını sağ­layacak şekilde tasarlanmıştır. Bu hava akımı yatay ya da dikey olarak yönlendirilebilir ve yeniden odaya verilen hava, genellikle yüksek etkinliğe sahip HEPA filtreden geçirilir (ultra-clean air). HEPA filtreler küçük çaplı partikülleri bile % 99,97 etkinlikle temizleyen yüksek etkinlikte hava filtreleridir. Hava 0.3 µ çapındaki partikülleri %99.97 oranında te­mizleyen HEPA filtrelerden geçirilerek yatay veya dikey yönde sabit hızda ameliyat alanı üzerinden üfler. Minimal hava tirbülansı ile birlikte mikroptan arındırılmış temiz hava sağlanır. Bu havalandırma sistemi (ultra-clean air) ), hiç partikül içermeyen aşırı temiz havalandırmalı odalar implant ve protez cerrahisi gibi bazı cerrahi işlemlerin uygulandığı ameliyat odalarında önerilir.

Ameliyathane odasına havalandırma sisteminden gelen hava odadan çıkan havadan bir miktar daha fazla olmalıdır. Böylece ameliyathane içerisindeki pozitif basınç dış alan­daki potansiyel kontamine havanın ameliyathane odası içerisine girişini engeller. Ameli­yathane kapılarının kapalı tutulmalarının bir nedeni de budur.

Ameliyathanelerin, özellikle kullanılmadıkları zamanlarda, ultraviyole (UV) ışık ile ay­dınlatılarak ortamdaki bakteri yükünün azaltılması değişik kuruluşlarda kullanılmakla bir­likte, bu uygulamanın da infeksiyon oranını azalttığı konusunda bilimsel bir kanıt yoktur.