Müşteri temeline göre örgüt yapısını bölümlere ayırmanın kendine göre bazı temel dezavantajları da mevcuttur:

• Müşteri temelinde uzaklaşma: müşteri farkları çok olan kurumlarda her bir müşteri temelli grup merkezden bağımsız olarak sahada çalışmaya ve ödül dağıtmaya alışırsa bir müddet sonra merkezden kontrol ve gruplar arası koordinasyon zorlaşabilir. Ayrıca bazen bazı müşterilerin müşteri temelinde uzmanlaşmış bazı satış elemanlarına karşı geliştirmiş oldukları sadakat firmaya veya markaya karşı olan sadakatlerini aşmış olabilir ve bu uzmanların firmadan ayrılması halinde onlara sadık olan müşterileri elde tutmak zorlaşabilir.
• Çabaların teksiri: merkezden yapıldığında çok daha etkili, verimli ve düşük maliyetli yapılabilecek faaliyetler her bir müşteri grubunda ayrı ayrı yapılmaya çalışılınca verimlilik düşebilir. Her müşteri temelli grup için daha dar kapsamlı da olsa bu faaliyetlerin tekrar tekrar yapılması, tüm müşteri gruplarında toplamda daha fazla ve gereksiz faaliyet ve maliyetin oluşmasına ve bu işleri yapacak destek personelin bulunmasına yol açabilir. Ayrıca farklı müşteri grupları çok geniş ulusal ve hatta uluslar arası pazarda çok farklı uzak bölgelerde karışık olarak konumlanmış olabilecekleri için kendi özel müşterilerini ziyaret etmek istediklerinde satış elemanlarının seyahat masrafları ve harcayacakları zaman çok yüksek olacaktır.
• Müşterilere göre ayırım yapmanın gereksizleşmesi: zaman içerisinde (büyük beden ve hamile elbiseleri gibi) bazı müşteri temelli grupların satışlarının düşmesi, gelişen teknoloji ve yeni tasarımlar sayesinde yakın ürün gruplarının tek ve ortak bir ürün grubuna dönüşmesi (genç bay ve bayan spor giyim gibi farklı grupların tek bir unisex grupta birleşmesi gibi) söz konusu olabilir. Böyle bir durumda, yöneticiler, bazı müşteri gruplarını birleştirmeyi veya örgütü müşteri temelli olarak bölümlemekten vazgeçip başka bir bölümlenme türüne geçmeyi düşünebilirler.