Tüm sistemler gibi NEX sisteminin de olumsuz yönleri bulunmaktadır. Peş peşe çekim hızı çok yüksek değildir ve bu nedenle “aksiyon fotoğrafçılığı” için pek uygun değildir. NEX sistemindeki gövdeler her ne kadar rahat tutulabiliyor olsalar da genel olarak küçük ve hafif oldukları için, önlerine takılan objektiflerin boyutları büyüdükçe dengesiz bir şekilde öne doğru ağırlık artmakta ve tutuş zorlaşmaktadır. Gövdelerde flaş bulunmamakta ancak bir seçenek olarak düşük güçte kafa flaşları takılabilmektedir. Ayrıca Sony’nin kendi ürettiği objektiflerin sayısı şimdilik çok azdır. Bu nedenle otomatik netleme özelliğinin kullanılabileceği objektif seçenekleri çok sınırlıdır.