Şiddetin hızla tırmandığı bu dönemde Bosna Hersek’in bölünmesi konusunda anlaşan Bosnalı Sırplar ile Hırvatlar, denetim altında tuttukları bölgelerdeki Boşnaklara karşı soykırım, etnik temizlik ve sistematik tecavüz gibi eylemler yürüttüler. Özellikle Sırp güçlerce yaklaşık dört yıl sürdürülen Saraybosna kuşatması sırasında sivil hedeflerin topçu ve keskin nişancı atışlarıyla vurulması ve Temmuz 1995’te, sözde BM koruması altında bulunan Srebrenica kentine giren Radko Mladic komutasındaki Sırp birliklerinin yaklaşık 8000 Boşnak’ı öldürmesi, uluslararası toplumda büyük rahatsızlık yarattı. Bu arada, yürütülen diplomatik çabalar sonucunda Boşnaklar ile Hırvatlar arasında anlaşma sağlandı ve bu iki taraf Bosna-Hersek Federasyonu adı altında birleşmeyi kabul etti.