Bilim varlığı gözlem, deney, test yoluyla çözümleyerek ele alır, varlık felsefesi ise maddi ve zihinsel boyutları açısından bir bütün olarak inceler. 

Bilim varlığın kendisini bir gerçeklik olarak kabul eder, varlık felsefesi ise gerçekliğin mümkün olup olmadığını sorar. 

Bilim bütün ile ilgilenirken, varlık felsefesi bütünün parçaları ile ilgilenir. 

Bilim dış nesnel gerçekliği olduğu gibi kabul ederken, varlık felsefesi ise dış gerçek nesnelliği sorgular.

Bilim varolanın bilgisine bilimsel araştırma teknikleri ile ulaşırken, varlık felsefesi varlığın deney ve gözlem dışında bir gerçekliğinin olup olmadığını sorgular.